2009年の東京お台場。
父親に連れられ、潮風公園に建てられた「実物大ガンダム立像」を見学しに来た少年イレイ・ハルは、そこでテレビでも漫画でも見たことのない謎のガンプラ「ビギニングガンダム」を手に入れる。
この頃巷では、製作したガンプラを専用のシミュレーションマシンでCG空間上に再現し、製作者自らが操縦して戦うゲーム「ガンプラバトル」が流行していた。
ハルは親友のサカザキ・ケンタに誘われ、自ら組み立てたビギニングでガンプラバトルに参加することになる。